En Persia fueron dos los pueblos que aceptaron el cristianismo, los asirios y los armenios. Los primeros, hablantes de una lengua proveniente del arameo llamada actualmente ashurí en Irán, y los segundos, de lengua armenia. Con la islamización de Persia y durante la era de los Califas Ortodoxos y hasta la época omeya (759), los cristianos asirios vivían en paz pagando el impuesto propio de los no musulmanes (jaziya) y gozaban de total libertad de culto. Estos cristianos, de culto nestoriano, constituían una sociedad independiente y sus asuntos internos estaban regidos por su patriarca. En la era abasí (a partir del año 759), los cristianos ejercieron mucha influencia en el califato y fueron muy activos en la traducción del griego de obras de filosofía, medicina y científicas en general.

En el periodo de doninacion mogola (siglos XIII y XIV) y posteriormente los cristianos asirios compartieron las penurias del resto de la población musulmana. En la era qayar (1789-1925), los asirios cristianos, que vivían sobre todo en Salmas y Urumiyeh (actual Azerbaiyán), sufrían por sus condiciones adversas tanto económicas como culturales así como por el pago de gravosos impuestos, que hizo que muchos de ellos emigraran a Rusia.

A finales del siglo XIX los misioneros protestantes estadounidenses y británicos y los católicos predicaron en la comunidad asiria, animándoles a establecer centros culturales y hospitales y a publicar libros y periódicos. Estas acciones atrajeron a algunos de ellos a los credos protestante y católico. A partir de entonces, el grupo que se había convertido al catolicismo se denominó caldeo. Hoy, los asirios tienen un diputado en el parlamento de Irán.

El otro grupo de cristianos iraníes son los armenios, un pueblo que ha estado vinculado a Persia desde el período aqueménida. Según la Constitución de la República Islámica del Irán, los armenios disfrutan de sus derechos sociales y de libertad de culto, y en el Parlamento, los armenios del sur y del norte tienen cada uno un diputado.